حصل على درجة البكالوريوس في الكيمياء من جامعة ناغويا في اليابان، بعد ذلك التحق بجامعة هارفارد في الولايات المتحدة، ثم حصل على درجة الدكتوراة في الكيمياء من جامعة ناغويا. عُيِّن أستاذاً مساعداً للكيمياء في جامعة ناغويا اليابانية، وأصبح، خلال ثلاثة أعوام، أستاذاً في جامعة طوكيو كوييكو. ثم عمل أستاذاً في جامعة تاكوهو، وانضمّ، منذ عام 1969، إلى جامعة كولومبيا في نيويورك أستاذاً للكيمياء، ومديراً للبحوث الكيميائية في مركز دراسات المحيط الحيوي. بالإضافة إلى عمله الجامعي تَولَّى – لعدّة أعوام – إدارة معهد سنتورى لبحوث المواد البيوعضوية في أوساكا باليابان، وساهم في إنشاء وإدارة المركز الدولي للدراسات الفزيولوجية والبيئية للحشرات في كينيا.
يُعدُّ البروفيسور ناكانيشي واحداً من أعظم كيميائي العالم؛ خصوصاً في كيمياء المواد الطبيعية ذات النشاط الحيوي. فقد تمكَّن من فصلها وتحديد أشكالها بدقة متناهية، مستخدماً طرقاً مبتكرة تجمع ما بين التحليل الطيفي والوسائل الكيميائية الحساسة، ثم قام بدراسة تلك المواد ومتابعة نشاطها الحيوي على نحو لم يسبقه إليه أحد. وقام بتحديد أشكال أكثر من 350 من المواد الطبيعية الحيوية؛ بما في ذلك عدد من المجموعات الكيميائية الجديدة، والمضادات الحيوية والسموم والمواد المُسرطِنة أو المضادة للسرطان. ولهذا أهمية علمية واقتصادية كبيرة. من أبرز أعماله في الآونة الأخيرة دراسة الأسس الكيميائية التي تحكم تفاعل الضوء مع البني الموكِّدة للرؤية، مما قد يؤدي إلى إيجاد علاج لانحلال البقعة الذي يسبّب العمى للكثيرين.
نشر البروفيسور ناكانيشي أكثر من 700 بحث علمي، كما صدر له تسعة كتب في الكيمياء؛ تأليفاً، أو مشاركة، وأشرف على 425 من طلبة الدكتوراة، 330 منهم في جامعة كولومبيا والبقية في اليابان. وكان محرّر شرف لمجلة المركّبات الحلقية المتغايرة “Heterocycles” ذات الشهرة العالمية الواسعة.
حصل البروفيسور ناكانيشي على عشرات الجوائز والميداليات والأوسمة من مختلف الدول، كما نال زمالات، أو زمالات فخرية، من كبرى الأكاديميات العلمية في العالم، ومنحته درجة الدكتوراة الفخرية كلية وليامز، وجامعة جورج تاون الأمريكية، بينما أقامت جامعة هارفارد مؤتمراً أسمته “مؤتمر ناكانيشي”، وأصدرت بعض مجلات الكيمياء الشهيرة أعداداً خاصة تكريماً له، كما صدر عام 1997 كتاب: “التداخل بين الكيمياء وعلم الحياة” – إهداءً إليه ؛ وأشرف على تحريره عالما الكيمياء الشهيرين كوبر وسنايدر. أما الجمعية الأمريكية للكيمياء وجمعية الكيمياء اليابانية فأنشأتا “جائزة ناكانيشي” السنوية تكريماً له، وهي تُمنح مرة في اليابان ومرة في الولايات المتحدة للذين حقَّقوا انجازات كبيرة في الكيمياء والتحليل الطيفي للمظاهر البيولوجية.
كتبت هذه السيرة الذاتية في عام استلامه للجائزة.