حصل على دكتوراة الطب من جامعة كوبه عام 1987، وعلى دكتوراة الفلسفة من كلية الدراسات الطبية العليا في جامعة أوساكا عام 1993، وأصبح طبيباً مقيماً في قسم جراحة العظام في مستشفى أوساكا الوطني لمدّة عامين، ثم حصل على زمالة لما بعد الدكتوراة في معهد جلادستون لأمراض القلب والأوعية الدموية في سان فرانسيسكو بالولايات المتحدة الأمريكية عام 1996. وهو حالياً مدير مركز أبحاث الخلايا الجذعية وتطبيقاتها وأستاذ في معهد علوم المواد المتكاملة في جامعة كيوتو، وباحث أول في بيولوجيا الخلايا الجذعية في معهد جلادستون، وأستاذ التشريح في كلية الطب في جامعة كاليفورنيا.
أجرى البروفيسور ياماناكا بحوثاً عديدة ومُتميِّزة في مجال الخلايا الجذعية، وتُوِّجت مسيرته العلمية باكتشافه، عام 2006، طريقة وراثية لتحويل الخلايا الجلدية في الفئران البالغة إلى خلايا جنينية مماثلة للخلايا الجذعية الجنينية؛ أي قادرة على الإنقسام والتكاثر بلا حدود والتحوُّل إلى أي نوع آخر من أنواع خلايا الجسم. كان لذلك الكشف الرائد صدى علمي عظيم؛ إذ أمكن بواسطته الاستغناء – لأول مرة – عن الأَجِنَّة مصدراً أساسياً للحصول على الخلايا الجذعية وبالتالي قتل الجنين، مما أثار خلافاً أخلاقياً واسع النطاق في الأوساط العلمية والاجتماعية والدينية. بعد ذلك بعام واحد، تمكَّن البروفيسور ياماناكا والبروفيسور جيمس تومسون، كلاً على حدة، من إعادة برمجة خلايا جلد الإنسان لتصبح – كالخلايا الجذعية – قادرة على إنشاء مختلف أنواع الأنسجة والأعضاء بالجسم. وأَدَّت تلك الاكتشافات المُبهرة إلى سيل من البحوث العالمية في بيولوجية الخلايا الجذعية. ويسعى البروفيسور ياماناكا وفريقه حالياً لإيجاد سبل للاستفادة من تقنية الخلايا الجذعية في الطب التعويضي وتطوير العقاقير.
نالت بحوث البروفيسور ياماناكا الرائدة تقدير الدوائر العلمية العالمية، وحصل على العديد من الجوائز؛ منها: جائزة ماينبرج لأبحاث السرطان؛ وجائزة يامازاكي–تيشي في التقنية والعلوم البيولوجية؛ وجائزة روبرت كوخ، وجائزة شو في الطب وعلوم الحياة، وجائزة سانكيو تاكماين التذكارية؛ وجائزة لويس روزنستايل للإنجاز المُتميِّز في البحوث الطبية الأساسية، وجائزة مؤسسة جيردنر العالمية، وجائزة لاسكر للبحوث الطبية الأساسية؛ وجائزة مارش أوف دايم لبيولوجية النمو، وجائزة كيوتو للتقنية الحيوية والطبية؛ وجائزة بلزان السويسرية، كما اختارته مجلة “Time” الأمريكية “الشخصية المُميَّزة لعام 2007″، وأدرجت اسمه ضمن قائمة “المائة شخص الأكثر تأثيراً في العالم لعام 2008”.
كتبت هذه السيرة الذاتية في عام استلامه للجائزة.