تعهَّده أبوه الذي كان واحدًا من كبار علماء الأزهر بالتربية والتعليم، فحفظ القرآن الكريم وهو في العاشرة على يد الشيخ محمد علي الحسيني شيخ القرَّاء المصريين، وتعلَّم متون التجويد والقراءات والنحو على يد أبيه. ولما بلغ الحادية عشرة التحق بالأزهر وتتلمذ على كبار شيوخه، من أمثال الشيخ عبدالله دراز، ومحمد بخيت المطيعي، وأهله نبوغه ومثابرته للالتحاق بمدرسة القضاء الشرعي، وحاز على شهادتها العالية في القضاء عام 1914.
عمل الشيخ حسنين بعد تخرَُجه بالتدريس في الأزهر لمدة عامين، ثم التحق بسلك القضاء متنقلًا بين المحاكم الشرعية في قنا وديروط والفشن والقاهرة وطنطا حتى أصبح رئيسًا لمحكمة الإسكندرية الكليّة الشرعية عام 1941. ثم رُقِّي رئيسًا للتفتيش الشرعي بوزارة العدل، وأثناء توليه ذلك المنصب، ساهم في العديد من المشروعات الإصلاحية، مثل إصلاح قانون المحاكم الشرعية، وقانون المجالس الحسبية. وفي عام 1944، عُيِّن نائبًا لرئيس المحكمة العليا الشرعية وبعد ذلك بعامين، تولَّى منصب الإفتاء، وظلَّ يشغله حتى نهاية مدة خدمته القانونية عام 1950، فاشتغل بالتدريس في المسجد الحسيني إلى أن أُعيد مرة أخرى عام 1952 ليتولَّى منصب الإفتاء لمدّة عامين.
كان فضيلته عضوًا في هيئة كبار علماء الأزهر ورئيسًا للجنة الفتوى فيه وعضوًا في مجمع البحوث الإسلامية، ورئيسًا للجنة النهوض بالدعوة، وعضوًا مؤسسًا لرابطة العالم الإسلامي بالمملكة العربية السعودية، كما شارك في تأسيس الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة.
قام الشيخ حسنين بدور بارز في مجال التعليم الإسلامي ومحاربة البدع والخرافات، ونشر حوالي 15 عملًا في طليعتها: “كلمات القرآن: تفسير وبيان”، “صفوة البيان لمعاني القرآن”، و”كتاب المواريث في الشريعة الإسلامية”. كما شكّلت فتاواه ثروة فقهية ضخمة تمَّ جمعها في مجلدين كبيرين. نال الشيخ حسنين جائزة الدولة التقديرية في العلوم الاجتماعية، ووسام العلوم والفنون من الطبقة الأولى من جمهورية مصر العربية عام 1982.
كتبت هذه السيرة الذاتية في عام استلامه للجائزة.
توفي الشيخ حسنين محمد مخلوف بتاريخ 1990/4/15.